Pengukuran dan pengesanan Transkripsi (biologi)

Mikrograf elektron transkripsi RNA ribosom. Untaian RNA ribosom yang membentuk kelihatan sebagai cabang daripada untaian DNA utama.

Transkripsi boleh diukur dan dikesan dalam pelbagai cara:

  • Asai transkripsi kaset tanpa G: mengukur kekuatan promoter
  • Ujian transkripsi larian: mengenal pasti tapak permulaan transkripsi (TSS)
  • Ujian larian nukleus: mengukur kelimpahan relatif transkrip yang baru dibentuk
  • KAS-seq: mengukur DNA untai tunggal yang dihasilkan oleh polimerase RNA; boleh dibuat dengan 1,000 sel.[62]
  • Ujian perlindungan RNase dan ChiP-Chip RNAP: mengesan tapak transkripsi aktif
  • RT-PCR: mengukur kelimpahan mutlak tahap RNA total atau nukleus, tetapi mungkin berbeza daripada kadar transkripsi
  • Mikroarai DNA: mengukur kelimpahan relatif bagi jumlah global atau paras RNA nuklear; bagaimanapun, ini mungkin berbeza daripada kadar transkripsi
  • Penghibridan in situ: mengesan kehadiran transkrip
  • Penandaan MS2: dengan memasukkan gelung batang RNA seperti MS2 ke dalam gen, ini akan digabungkan ke dalam RNA yang baru disintesis. Gelung batang kemudiannya boleh dikesan menggunakan gabungan GFP dan protein kot MS2 yang mempunyai pertalian tinggi serta interaksi jujukan khusus dengan gelung batang MS2. Pengambilan GFP ke tapak transkripsi digambarkan sebagai tempat pendarfluor tunggal. Pendekatan baharu ini telah mendedahkan bahawa transkripsi berlaku dalam letusan terputus-putus atau denyutan. Dengan pengecualian ketara dalam teknik in situ, kebanyakan kaedah lain menyediakan purata populasi sel, dan tidak mampu mengesan sifat asas gen ini.[63]
  • Blot Northern: kaedah tradisional, dan sehingga kemunculan RNA-Seq, yang paling kuantitatif
  • RNA-Seq: menggunakan teknik penjujukan generasi lanjutan untuk menyusun keseluruhan transkrip, dan membolehkan pengukuran kelimpahan relatif RNA serta pengesanan variasi tambahan seperti gen gabungan, suntingan pascatranskripsi dan tapak hiris cantum baharu
  • RNA-Seq sel tunggal: menguatkan dan membaca transkrip separa daripada sel terpencil, membolehkan analisis terperinci RNA dalam tisu, embrio dan kanser